由髒污的變化去處觀察，清潔的原理可概分為以下三種：
一、將污染物取出
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溶於水移走原本溶於水的汙物，加入水以後，利用機械攪伴，使汙物溶出後移走（沖洗、旋乾…..）。如糖、灰塵等。原本不太溶於水的汙物，加入各種“界面活性劑”使汙染物可以溶於水（在水中形成微胞）再移走它們。如油脂、蛋白質等。
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溶於溶劑溶走有些頑垢雖不易溶於水，但卻溶於一些有機溶劑，如苯、甲苯、酒精、三氯乙烷，所以可以用這些溶劑進行“乾洗”（不用水），但要考慮成本、毒性、公害、傷害質地等因素。
二、將汙染物分解成較小分子，容易用水移走
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強化學氧化劑原理使用強酸、強鹼，或雙氧水、次氯酸鈉等氧化劑，或是臭氧等高活性氣體，直接和汙染物起作用，轉變汙染物的分子結構（可能切斷其分子鍵結，或是結合在一起），最後使汙染物容易飄散、洗去或是變色漂白等，同樣有汙染、破壞質及危險等疑慮。
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酵素分解原理酵素是一種生物觸媒蛋白質，觸媒的意思是幫助化學反應容易進行的媒介物質。如本來要裂解脂肪，要在高溫及強氧化劑下作用數小時，但因為有“脫脂酵素”存在，只要在常溫的水中便可快速的反應了，化學上的專業術語是－觸媒可以降低反應所需的活化能，中油公司輕油裂解廠用了許多化學觸媒以裂解原油成石化原料。而在生物體內，則有許多種酵素（生物觸媒），幫助生理過程的進行，如口水、胃液、荷爾蒙及維生素等都是其中一種。酵素可以分解汙染物成為較小的分子，因此比較容易將這些較小分子以水帶走，這是相對較快速、安全及環保的清潔方式。
三、將汙染物徹底分解成空氣和水
當然我們是不可能將砂子和鐵塊變成空氣和水的（除非經過核子分裂，改變原子結構），可以分解的是一般的有機汙染（所有吃喝拉撒的、由生命體生長的、石油來的、植物來的），它們主要是由碳(C)、氫(H)、氧(O)構成的，亦含有少量氮、磷、鉀、鎂．．．等元素，最主要是由植物光合作用，結合陽光（能量）、空氣（二氧化碳、氮）、和水製造出來的。
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燃燒燃燒是利用氧氣和高溫，將有機物徹底氧化成二氧化碳和水，要有適當的條件（焚化爐），燃燒不完全的二次汙染等各種考慮，也無法用在一般的清潔上。
- 活菌分解應用大自然自己的物質循環原理，光合作用是製造出有機物而呼吸作用則分解有機物，產生能源、二氧化碳和水。不同的活菌可以消化不同的有機物（糖、澱粉、蛋白質、脂肪．．．），大自然河流、土壤的菌便是這樣的工作者。生物科技的進步，可以使我們應用它消除海上的原油汙染，也可以用來幫我們清潔生活環境的髒污。
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